La separación de Panamá de Colombia​ fue el suceso ocurrido el 3 de noviembre de 1903, como consecuencia de la Guerra de los Mil Días, y que desencadenó la proclamación de la República de Panamá, en ese entonces un departamento de Colombia.

Después de la independencia de España en 1821, el istmo de Panamá decidió unirse voluntariamente a la Gran Colombia, la cual estaba conformada por los territorios que pertenecieran al Virreinato de Nueva Granada, y que incluía a la Real Audiencia de Panamá. En 1831 con la disolución de la Gran Colombia, el istmo renovó su integralidad en la naciente República de la Nueva Granada, de la Confederación Granadina, de los Estados Unidos de Colombia y finalmente de la República de Colombia. Sin embargo, dicha integralidad fue puesta a prueba durante el siglo XIX a través de varios intentos separatistas, siendo la del Estado del Istmo en 1840-41 la más exitosa.

Para la historiografía panameña, la proclamación de la República de Panamá fue ideada por su clase política quienes basados en una ideología liberal, habían venido construyendo una consciencia nacionalista y autonomista desde finales del siglo XVIII, que tuvo condiciones para materializarse finalmente por la pretensión del Gobierno de Estados Unidos de asegurarse la obra de construcción del Canal de Panamá.

En cambio para la historiografía colombiana, la secesión de Panamá constituyó un atentado contra la integridad político-territorial de la nación que tuvo un impulso decisivo con la invasión naval estadounidense de 1903 bajo el gobierno de Theodore Roosevelt; para así asegurarse este país la obra de construcción del Canal de Panamá, ​tras un premeditado acuerdo con la oligarquía política istmeña de la época.

José Domingo de Obaldía sería nombrado gobernador de Panamá, este cargo ya lo había desempeñado con anterioridad.

José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal. La red conspirativa estaba conformada aparte del propio Arango, por Manuel Amador Guerrero, médico; Nicanor de Obarrio, militar y general del ejército, y por otros como Ricardo Arias, Federico Boyd, Carlos Constantino Arosemena, Tomás Arias, Isabelina Rojas y Manuel Espinosa Batista. Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan, ya que las fuerzas norteamericanas habían ayudado en el pasado al ejército colombiano.[cita requerida] También obtuvo en Panamá el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.

Con todos estos apoyos, se concertó la puesta en marcha del plan separatista para un día no definido del mes de noviembre de 1903. Sin embargo, un rumor generado en Colombia estuvo a punto de dar al traste con el plan. Informes recibidos daban cuenta de una supuesta invasión nicaragüense al Istmo por la región de Calovébora, sobre la costa norte panameña. Este informe, y los rumores insistentes sobre algo que se tramaba en Panamá, hicieron que Colombia movilizara al Batallón Tiradores desde Barranquilla. El comandante de ese batallón traía secretamente instrucciones para reemplazar a José Domingo De Obaldía y al general Esteban Huertas, en quienes ya no se confiaba en Bogotá.

El Batallón Tiradores, al mando del general Juan B. Tovar y Ramón G. Amaya, llegó a la ciudad de Colón en la mañana del 3 de noviembre de 1903. No tuvo problemas para desembarcar, pero su transporte hacia la ciudad de Panamá sufrió muchos contratiempos por la complicidad de las autoridades del Ferrocarril transístmico con los conjurados, entre ellas el superintendente estadounidense J.R. Shaler. Después de muchas excusas, el Estado Mayor pudo desplazarse hacia la capital. En Colón quedó la tropa bajo el mando del coronel Eliseo Torres.

Una vez llegados a Ciudad de Panamá, Juan B. Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general.

Al enterarse de la inminente acción revolucionaria, el comandante John Hubbard del buque estadounidense «Nashville», entonces en las aguas del puerto y quien había retrasado previamente el desembarco de las tropas colombianas en Colón, procedió a impedir su transporte y cualquier desembarco posterior, argumentando que debía respetarse la “neutralidad” del ferrocarril, un argumento que las autoridades norteamericanas habían empleado en anteriores ocasiones en sentido contrario.[cita requerida]

Apresado el contingente militar colombiano y congelada la movilización de las tropas en Colón, se apresuraron las acciones para declarar la separación del Istmo. La Junta Revolucionaria procedió entonces a declarar esa misma tarde, la separación del Istmo. Algunos panameños asaltaron las armerías y tomaron las armas, pero no fue necesario usarlas. Por representar a la autoridad colombiana fue puesto bajo custodia el gobernador José Domingo de Obaldía.

Una escuadrilla naval anclada en la bahía de Panamá fue obligada a rendirse sin oponer resistencia. El Concejo Municipal se reunió bajo la Presidencia de Demetrio H. Brid (autoridad máxima en el territorio panameño ante el surgimiento de un gobierno de facto), y proclamó en un acta de voluntad del pueblo de ser libre y de establecer un Gobierno propio, independiente, y soberano bajo el nombre de República de Panamá.

Demetrio H. Brid se convirtió entonces en el Primer Presidente de facto de la recién formada República de Panamá, nombrando el 4 de noviembre de 1903 a la Junta de Gobierno Provisional que se encargaría de la administración del Estado hasta que la Convención Nacional Constituyente en febrero de 1904 designara a Manuel Amador Guerrero como el primer Presidente Constitucional de la República de Panamá.